Norint pamatyti storosios žarnos pakitimus, būtina gerai išvalyti žarnyną, todėl procedūrai jis turi būti tinkamai paruoštas. Mažiausiai parą iki tyrimo būtina nevalgyti; galima gerti tik skaidrius skysčius.
Dieną prieš tyrimą pacientui duodama specifinių, žarnyno išvalymui skirtų, vidurius liuosuojančių vaistų (pvz. „Fortrans“) ir paskiriama gerti daug vandens. Jei procedūra paskirta ryte, vidurius liuosuojančius vaistus reikia pradėti gerti dieną prieš procedūrą. Tyrimo išvakarėse reikia išgerti 4 litrus tirpalo: 4 paketėliai vaistų (jie būna miltelių ar granulių formos) ištirpinami 4 litruose vandens. Šį tirpalą reikia išgerti tyrimo išvakarėse per 6-7 valandas: nuo 13-16 iki 19-21 valandos. Kadangi tyrimas atliekamas pacientui sukeliant bendrinę nejautrą, tyrimo dieną turite būti nevalgęs ir negėręs. Jei tyrimas atliekamas ne ryte, o po pietų, ryte galite išgerti tiek, kad netroškintų, tačiau mažiausiai 6 val. iki tyrimo turite nieko negerti. Žarnyną išvalantys vaistai yra gerai toleruojami, tik retais atvejais gali būti nedidelio laipsnio pykinimas. Šie vaistai negali būti skiriami esant dehidratacijai (organizmui netekus daug skysčių), sunkaus laipsnio širdies veiklos nepakankamumui bei žarnų nepraeinamumui.
Jei nuolat geriat vaistus, tyrimo dienos rytą juos išgerkite užsigeriant vienu gurkšniu vandens.
Būtinai informuokite gydytoją, jei vartojate varfariną, aspiriną ar kitus krešėjimą mažinančius vaistus, nes jie didina kraujavimo pavojų. Pasakykite gydytojui ar anksčiau Jums buvo atlikti endoskopiniai tyrimai, ar kilo komplikacijų, alerginių reakcijų nuo vaistų. Būtinai informuokite, jei vartojate nesteroidinius priešuždegiminius vaistus (diklofenakas, nimezilis ir kt.), insuliną, gliukokortikoidus. Prieš tyrimą nusiimkite akinius, išsiimkite kontaktines linzes, dantų protezus.
Kadangi kolonoskopija bus atlikta bendrinėje nejautroje, po tyrimo (tyrimo dieną) nebus galima vairuoti automobilio.
Prieš procedūrą medicinos personalas Jus paguldys ant nugaros, į veną suleis vaistų, kurie Jus užmigdys (sukels bendrinę nejautrą). Vėliau Jūs būsite paguldytas ant kairiojo šono. Per išeinamąją angą gydytojas įstums kolonoskopą į storąją žarną, kuri apžiūros metu bus perpildyta oro, kad būtų galima apžiūrėti jos vidinį paviršių. Oras po procedūros gali sukelti pilnumo ir tempimo jausmą pilve, bet skausmo tai nesukelia. Baigiant endoskopiją, gydytojas kolonoskopą palengva ištrauks.
